Sähkötupakan haittavaikutuksista ei vielä ole kovin hyvää näyttöä. Sähkötupakasta ei samassa määrin synny myrkyllisiä palamiskaasuja kuten tavanomaisesta tupakasta, mutta saatujen tutkimustulosten mukaan sähkötupakankin käyttö näyttää olevan haitallista keuhkoille.

Sähkötupakan höyry sisältää yleensä ainakin glyserolia, jonka palamistuotteet ovat syöpää aiheuttavia ja lisäksi nikotiinia, joka on ainakin sydän- ja verenkiertoelimistön kannalta haitallinen aine.